A Hivatal irányítja Magyarországon a menekültügyi hatósági tevékenységet, valamint a menekültek különböző kategóriáinak ellátásával, hazatérésével, továbbtelepítésével vagy családegyesítésével kapcsolatos igazgatási feladatokat. Szakmailag irányítja a menekülteket befogadó állomások működését, továbbképzéseket tart a menekültügyi szakterületen dolgozó hazai szakembereknek.
Artemisszió Alapítvány
Az Alapítvány továbbképzéseket, konferenciákat, kampányokat szervez a tolerancia, a kultúrák és emberek közötti kapcsolatok erősítése érdekében. Kiemelten fontosnak tartja a hátrányos helyzetű, kisebbségi és menekült státusszal rendelkező emberek esélyegyenlőségének növelését, kirekesztettségük megszüntetését.
Cordelia Alapítvány a Szervezett Erőszak Áldozataiért
A Cordelia Alapítvány a kínzást és traumát elszenvedett menekültek és menedékkérők pszichiátriai rehabilitációjával foglalkozik. Képzett terapeutái és tolmácsai a hazai menekülteket befogadó állomásokon verbális és non-verbális, egyéni és csoportos terápiás foglalkozásokon gyógyítják a menekültek pszichés károsodásait.
Magyar Helsinki Bizottság
A Bizottság ingyenes jogsegélyszolgálatot működtet menedékkérők és menekültek számára Magyarországon, tréningeket szervez és szakmai kiadványokat ad ki a menekültügyben dolgozó szakemberek számára, valamint rendszeres látogatásokkal ellenőrzi a magyarországi fogdákat. A Határőrséggel és az ENSZ Menekültügyi Főbiztossággal közös, háromoldalú megállapodás alapján ellenőrzi a magyar zöldhatárt és határátkelőhelyeket is, annak biztosítása érdekében, hogy minden menedékkérő akadálytalanul bejuthasson Magyarország területére és itt előterjeszthesse menedékjogi kérelmét.
Mahatma Gandhi Egyesület
Az Egyesület ingyenes irodai és jogi szolgáltatásokat nyújt a Magyarországon élő menedékkérőknek, menekülteknek és külföldieknek itteni tanulmányaik, tartózkodásuk, letelepedésük vagy menedékjogi kérelmük kapcsán. Integrációs programokat és tanfolyamokat szervez elismert menekülteknek, és működteti az African Stars sportegyesületet, amely a sporton keresztül igyekszik elősegíteni a menekültek hazai befogadtatását, a velük kapcsolatos tolerancia növelését.
Menedék Migránsokat Segítő Egyesület
A Menedék Egyesület Budapesten, Bicskén, Békéscsabán és Debrecenben biztosít menedékkérők és menekültek számára szociális tanácsadást, tanfolyamokat, segíti munkaerőpiaci és társadalmi beilleszkedésüket. Számos szakmai kiadvány szerkesztésében, megjelentetésében, konferenciák, kampányok, hazai és nemzetközi szakmai programok, továbbképzések szervezésében is aktív szerepet vállal.
Ökumenikus Szeretet-szolgálat
A Magyar Ökumenikus Segélyszervezet 2008. január óta folytat menekültügyi tevékenységet a Bicskei Befogadó Állomáson. (A 90-es években a délvidéki, erdélyi és NDK-s menekülteknek nyújtott éveken át segítséget a szervezet.). Bicskén a kísérő (szülő, családtag) nélkül hazánkba érkező kiskorúakkal napi szinten mintegy 10 munkatárs foglalkozik, segítve őket a nyelvtanulásban, hivatalos ügyek intézésében, s általában a napi életvitelben, megélhetésben, hogy életük jó irányban folytatódhasson tovább.
Református Egyház Menekültmisszió
Magyarországi Református Egyház is, hogy segítséget nyújtsanak a Magyarországra illegálisan érkező és az idegenrendészeti központokban elhelyezett külföldiek lelki és testi szükségleteinek jobb kielégítése érdekében, és a szabad vallásgyakorlás feltételeinek javításában. A misszió kiemelt tevékenysége az iskolai és lakhatási integrációs programjának végrehajtása az Európai Menekültügyi Alap segítségével.
Igazságügyi és Rendészeti Minisztérium
A minisztérium határozza meg a magyar menekültpolitika irányvonalát, az ezzel kapcsolatos határozatokat és döntéseket, illetve felel az uniós jogharmonizációért. Ezen kívül biztosítja a magyar menekültügy finanszírozását, kezeli Európai Menekültügyi Alapból, valamint Európai Integrációs Alapból származó támogatásokat. Az IRM szervezeti egysége a Bevándorlási és Állampolgársági Hivatal.
Rendőrség
A Határőrség alaptevékenységként rendészeti feladatokat lát el, melynek körében őrzi az államhatárt, megelőzi, felderíti és megszakítja az államhatár jogellenes átlépését. Közreműködőként vesz részt a külön törvényben meghatározott menekültügyi hatósági feladatok ellátásában; gondoskodik az államhatár rendjének fenntartásáról, közigazgatási eljárásokban szakhatóságként működik közre.
Magyar Vöröskereszt
A Magyar Vöröskereszt demokratikus tömegszervezet, amely elősegíti és szervezi az embereknek az egészségügyi kultúra fejlesztésére és terjesztésére és az egészségügyi viszonyok javítására irányuló munkáját. A szervezet mandátuma alapján a Magyar Vöröskereszt átmeneti szállások megteremtésével, fenntartásával és egyéb módon közreműködik a menedéket kérők és a menekültek megsegítésében, előmozdítja hazatérésük lehetőségének mielőbbi megteremtését; illetve keresőszolgálatot üzemeltet a menekülés során szétszakadt családok újraegyesítése érdekében.
